经过多年的发展，国内新药研发的硬件、软件都得到了极大的提高，企业的创新意识有所提高，研发投入有所增加，大型制药企业都建立了具有一定实力的研究所；新药筛选、计算机辅助设计、现代生物技术等新技术不断应用于新药研发--所有这些进展都标志着我国新药研发水平有所提高。但是，国内新药研发也存在着一定的问题。

　　新药研发障碍多

　　企业利润水平下降，研发投入不足国际大型制药公司一般会把利润的10%～20%用于研发。而国内整个医药工业的研发投入却严重不足，1/3的企业由于亏损，更是先要解决生存问题，无力投资研发。从总体看，全国2007年投入药品研发的总资金估计还不到辉瑞公司76亿美元的1/3。

　　研发资源浪费严重国内的药品研发整体水平不高，研究过多地集中在几个热门品种上。大量的研发资金被浪费，研发效率低下。真正用于创新性研究的资金极其有限。

　　新药研制开发主体错位制药水平先进的国家，新药研发的主体是企业，大学、研究院所着重基础研究。而在我国，新药研究主要由专业院校和国家的研究院所来承担。虽然科技部明确在"十一五"期间，重点支持企业创新研究，但是要实现这个目标，仍任重道远。

　　业内研发心态浮躁，缺乏长远战略从2004年开始，我国每年申报的新药都有上万个，但真正的创新药物很少。由于相比创新药物，仿制药、改剂型研究投入少、风险小，而且仿制药、改剂型药也属于新药，企业可以自主定价，从而保证企业得到可观的回报，导致国内企业对此类药物研发趋之若鹜，而真正新药研发投入逐年减少。