山西仟源制药有限公司的前身是山西三圣药业有限责任公司。2000年6月6日通过改制将大同云中大学制药厂收购重新组成的公司。2003年4月三圣药业再次进行资产重组，与上海一舟医药科技有限公司合作，引进新的技术、资金及新的销售模式，并在上海成立市场营销中心；2003年6月，公司在大同经济技术开发区征地30亩按照国家GMP标准进行厂房整体异地新建改造，到2003年底，新建工程竣工，并实现投产运营，2004年3月公司新建厂房通过省药监局对固体制剂车间和原料药车间的GMP论证。

　　山西仟源制药有限公司是香港仟源医药投资控股有限公司于2004年8月17日和山西三圣药业有限责任公司达成协议，投资800万元人民币收购山西三圣药业有限责任公司，由香港仟源医药投资控股有限公司全额控股，并于2005年3月3日在山西大同市工商行政管理局重新登记注册成立的外商独资企业。2005年12月25日，公司成立二期工程筹备组。在大同市经济技术开发区新征用地30亩，投资1500多万元的二期工程青霉素粉针车间和6000平方米的综合仓库于2006年2月21日开工兴建。现粉针车间、综合仓库已完工并投产正式运营。

　　为了有效利用山西威奇达药业有限公司制剂事业部的现有优势和资源，不断扩大企业生产经营规模，2006年5月，经双方平等友好协商，本着优势互补、合作共赢的理念，山西仟源制药有限公司和山西威奇达药业有限公司达成了合作意向，成功收购了山西威奇达药业有限公司制剂事业部。2006年7月1日，山西仟源制药有限公司正式完成了分拆整合工作，重新注册、对外运营。