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影响微生物生存的物理、化学因素主要有：温度、湿度、pH值（见表1）、辐射、渗透压、超声波等。在生产中，温度对有效成分影响不大的就可以采用高温灭菌法，比如在洁净区干燥红车轴草提取物的时候即可选择高温干燥，温度可达100℃左右，实验结果见表2；有的可将其提取液加热高温煮沸来灭菌，如通过实验的玉米苗结果见表3；一些需要长时间放置的药品或提取物可贮藏于低温环境中，低温能抑制酶的活性，从而影响致病菌的代谢与繁殖；霉菌繁殖较多的产品可以通过控制其生产过程中的湿度来抑制致病菌的繁殖；有效成分为生物碱的可以通过调节pH值来灭菌，以上这些都能有效控制微生物的数量，还能降低生产成本。当然要控制微生物的数量还有一个关键步骤：前处理。前处理过程中要将发霉、腐烂、变质的成分剔除，还要把杂质除去，经过一个这样的前处理，从而把致病菌的基数降到最低。还需要注意的是：在提取和浓缩过程尽量不要让其暴露在空气中，生产区卫生、工艺卫生和生产人员个人卫生要达到要求。