2004年7月9日，“蛋白质与多肽药物实验室”在中国科学院生物物理研究所成立。为适应蛋白质科学研究总体战略部署的要求，满足国家在生物医药高技术领域的需求，由中国工程院院士、药物制剂国家工程中心主任侯惠民领衔、中科院生物物理所、百奥药业和中生北控共建的“蛋白质与多肽药物实验室”项目，将促进蛋白质基础性科研成果尽快转化为生产力，并促进蛋白质与多肽基础研究和应用研究的良性循环。

　　据生物物理所所长饶子和院士介绍，为尽快改变我国蛋白质科学研究面临的不利局面，从根本上解决制约我国蛋白质科学研究的产业不利因素，促进我国蛋白质科学和产业的快速发展，提高我国蛋白质科学研究和产业在国际上的地位，有必要成立国际一流的蛋白质科学研究国家实验室。在此之前，依托研究所设置了国家科技部蛋白质科学国家实验室、国家发改委蛋白质产业国家工程中心和生物大分子国家重点实验室，开发了一批高技术产品，孵化和创办以蛋白多肽药物为主的百奥药业和以生化诊断试剂为核心业务的中生北控等高技术公司。考虑到生物物理所科研基础和产业化条件，生物物理所正式向科技部提出申请，在生物物理所现有国家重点实验室和中科院重点实验室的基础上筹建具有更大规模和更高水平的蛋白质科学国家实验室—— 蛋白质与多肽药物实验室。

　　虽然，实验室设立在生物物理所，但却聘请了上海的侯惠民院士为实验室主任，饶子和说，要在这个实验室的平台上，建立“大科学”的合作，实现多学科的相互结合、渗透与交叉。这种合作有利于拓宽研究方向及开创新的研究领域，并可提高实验室的整体竞争能力，探索建立一套符合中国实际的国家实验室的运行机制和管理体制。

　　实现“大科学”是国际科技界近年来提出的新概念，饶子和介绍，其研究特点主要表现为：投资强度大、多学科交叉、需要昂贵且复杂的实验设备、研究目标宏大等。为此，实验室需要一个由众多跨学科科学家组成的团队，围绕一个总体研究目标，有分工、有协作地开展大规模研究。同时促进优秀科学家团组之间的合作，改变过去各自为战的局面，形成团队效应，彻底改变小作坊式的研究格局所造成的资源分散、效率低下的局面。